Nama Giri berasal dari bahasa Sansekerta yang artinya gunung. Nama tersebut tidak terlepas dari perjuangan salah satu waliyullah yang menyebarkan agama Islam di daerah Gresik, beliau adalah Sunan Giri. Riwayat tersebut bermula dari perjalanan spiritual Sunan Giri sendiri dalam memperdalam ilmu agama Islam. Raden Paku adalah salah seorang murid Sunan Ampel yang ulung dan taat. Pada masa mudanya Raden Paku bersama-sama dengan Makdum Ibrahim berniat pergi ke Mekah untuk memperdalam ilmunya, namun keduanya ditahan oleh Maulana Ishak di Malaka. Di kediaman Maulan Ishak (ayahnya) Raden Paku tidak saja diajar segala ilmu yang bersangkut paut dengan Islam, tetapi menurut sumber-sumber tradisional kepadanya juga diajarkan ilmu kewalian (ilmu kewalen): ilmu para wali.
Setelah dianggap cukup, oleh Maulana Ishak menyarankan agar Raden Paku secepatnya kembali ke Jawa untuk menyiarkan Agama Islam, serta mencari tempat tinggal yang tanahnya sama dengan sekepal tanah yang dibawakan Maulana Ishak (Wali Lanang). Sesampainya di Gresik dicarilah sebidang tanah untuk bertempat tinggal guna menyiarkan Islam. Dengan bantuan Syeh Koja dan Syeh Grigis, tanah itu ditemukan di perbukitan di dekat Gresik. Lokasi yang berwujud pegunungan (Sansekerta: Giri) itu mempunyai sifat sama dengan tanah pemberian ayahnya. Di lokasi yang ditemukan itulah Raden Paku mendirikan masjid sebagai pusat penyebaran Agama Islam. Semenjak itu Raden Paku termasyhur dengan nama Sunan Giri (Gunung). Dan daerah disekitarnya kemudian terkenal dengan daerah Giri (pegiren). Mengingat di Gresik ada situs kedaton, alun-alun, dalem wetan, pasar gede, kapunggawanan, dan lain-lain, ada kemungkinan Raden Paku atau pengganti-penggantinya dahulu pernah mendirikan istana (kedaton) di Giri.
Munculnya Pemimpin Baru Setelah Kerajaan Giri Runtuh.
Sejarah mencatat dalam naskah manuskrip “Babad Hing Gresik” bahwa setelah kekuasaan kerajaan Giri yang dipimpin oleh Pangeran Singasari ke-II runtuh akibat konflik dengan pemerintah Gresik yang pada saat itu dipimpin oleh 2 Bupati yaitu Kyahi Tumenggung Jayanegara Kasepuhan dan Kyahi Tumenggung Puspanagara Kanoman, tidak ada generasi penerus dari Pangeran Singasari ke-II sehingga wilayah desa-desa dibawah kekuasaan pegiren dimasukkan kedalam kekuasaan di Gresik hingga sekarang. Setelah masuk dalam kekuasaan Gresik, untuk menjaga situs Makam dan Masjid Sunan Giri maka pemerintah Gresik memberi jatah satu pemimpin untuk menjaga masjid dan makam yang diambil dari 3 dusun yaitu: Kajen, Kedahanan, Giri Gajah. Pemimpin tersebut diberi nama “Khotib Modin”. Khotib Modin ini merupakan suatu jabatan tingkat desa yang diangkat oleh bupati atau kepala pemerintahan tradisional Jawa. Sedangkan penghulu pertama yaitu Gus Mukmin dari dusun Kajen yang masih merupakan trah dari Pangeran Singasari. Tugas dari Penghulu sendiri sendiri menyangkut pada perkara munakahat (perkawinan), talak, cerai, rujuk, sedekah, infak, zakat dan perkara waris (hukum kewarisan) bagi kalangan orang yang beragama Islam.
Setelah Gus Mukmin wafat digantikan oleh putra beliau yaitu Kyai Bakiyadi pada tahun 1748 M. Kyai Bakiyadi mendapat gelar “Penghulu Sura Astana” dari Bupati Gresik Raden Adipati Arya Suryawinata. Namun tidak lama beliau wafat pada tahun 1793 M dan digantikan oleh putanya H. Zakaria Penghulu Sura Astana II, beliau wafat pada tahun 1827 M digantikan oleh putra beliau yaitu Kyai Muhammad Ya’qub (Penghulu III), beliau wafat pada hari Sabtu Pahing, 22 Jumadil akhir tahun 1876 M yang kemudian diteruskan oleh putra beliau Penghulu Haji Muhammad Bukhari (Penghulu IV) dan ditetapkan dengan Surat Ketetapan Bupati Gresik Raden Adipati Arya Suryawinata Nomor 1317/2 pada tanggal 20 Agustus 1876 M.
Setelah pengulu IV wafat, pengulu selanjutnya diteruskan oleh putranya bernama Penghulu H. Muhammad Rawi (Penghulu Sepuh/ Pengulu V) dari dusun Kajen. Setelah beliau wafat diteruskan oleh kemenakannya bernama Pengulu H. Zainal Abidin (Penghulu VI).

Nama-nama Penghulu Sura Astana Desa Giri.
1. Gus Mukmin 1743 – 1748 M
2. Kyai Bakiyadi 1748 – 1793 M
3. H. Zakaria 1793 – 1827 M
4. H. Muhammad Ya’qub 1827 – 1876 M
5. H. Muhammad Bukhari 1876 – …….
6. H. Muhammad Rawi …..
7. H. Zainal Abidin ……. – 1967 M
Sumber : Babad Gresik

Setelah Pengulu VI wafat pada tahun 1967 M, gelar Penghulu sudah ditiadakan. Untuk kepemimpinan selanjutnya, gelar yang dipakai yaitu Ketua Kaum Masjid dan Makam yaitu H. Achmad Badawi dari Dusun Kajen.
Pada masa penghulu VI, pemerintahan di Desa Giri terbagi menjadi dua yaitu pemerintahan yang terfokus kepada Makam dan Masjid Sunan Giri dan pemerintahaan Kepala Desa yang keduanya dibawah naungan Bupati Gresik. Pada saat itu pemerintah desa belum mempunyai kantor khusus desa namun masih berada di rumah kepala desa. Pada masa kepemimpinan H. Achmad Badawi sebagai ketua kaum masjid dan makam, jabatan kepala desa pada waktu itu adalah Bapak Ekram. Berikut beberapa nama kepala Desa Giri dari tahun ke tahun :

Nama-nama Kepala Desa Giri dari tahun ke tahun.
1. Markasim 1894 – 1926 M
2. Ekram 1926 – 1958 M
3. Achjam 1958 – 1990 M
4. H. Izzudin Shodiq 1990 – 2000 M
5. H. Ainul Ghoerry 2000 – 2013 M
6. Khusnul Falach,SE. 2013 – 2019 M

Referensi :
Dalam KBBI, Giri juga berarti gunung.
Dalam buku Pioner dan Pendekar Syiar Islam tanah Jawa & Tapak Tilas Kota Gresik karangan Drs. Moh. Hasjim Munif, 1995 disebutkan bahwa Raden Paku adalah nama ketika Sunan Giri lahir yang diberikan oleh ayhanda beliau Maulana Ishak yang artinya pepaku dunia yang akan dihormati oleh seluruh tanah Jawa, nama lain yaitu Maulana Ainul Yaqin dan Jaka Samudra. Nama Jaka Samudra diberikan karena beliau ditemukan di laut lepas oleh saudagar kaya bernama Nyi Gede Pinatih yang hendak berdagang ke wilayah Bali. Sedangkan Maulana Ainul Yaqin diberikan ketika beliau menimba ilmu di Samudra Pasai dengan harapan menjadi orang yang yakin.
Aminuddin Kasdi, Kepurbakalaan Sunan Giri (Sosok Akulturasi Kebudayaan Indonesia asli, Hindu-Budha dan Islam Abad 15-16) (Surabaya: Unesa University Press, 2005), 35.
Ibnu Qoyim Isma’il, Kiai Penghulu Jawa (Peranannya Di Masa Kolonial), (Jakarta: Gema Insani Press, 1997), 67.
Aminuddin Kasdi, Riwayat Sunan Giri Menurut Penulisan Sejarah Tradisional : Babad Gresik, (Yogyakarta: UGM, 1987), 151.
Ibnu Qoyim Isma’il, Kiai Penghulu Jawa… 27.
Penghulu Sura Astana diartikan sebagai penjaga makam dalam hal ini Makan Kanjeng Sunan Giri.
Hasil wawancara dengan Bapak Masrur bin H. Achmad Badawi pada tanggal ….
Jabatan tersebut berdasarkan dokumen hasil keputusan rapat kaum masjid dan makam kanjeng Sunan Giri pada tanggal 16 Januari 1972 yang ditanda tangani oleh H. Achmad Badawi selaku ketua masjid dan makam
Jabatan tersebut berdasarkan dokumen hasil keputusan rapat kaum masjid dan makam kanjeng Sunan Giri pada tanggal 16 Januari 1972 yang ditanda tangani oleh Ekram selaku kepala desa Giri.